首先，白叶将自己拯救回来的那十五名精锐忍者，组成一个新的部门，名为训练部，由白叶亲自掌握。
这十五人在接受白叶的训练之后，开始作为战斗部队的小首领，负责训练其他忍者。在训练的过程中，这些忍者在根部的地位也随之水涨船高。白叶借此提升了自己对根部的掌控力。
完成战斗部门的整改之后，白叶紧接着就对后勤部门进行了整编。
后勤部门是根部最为混杂的部门，各大家族乃到火影都在这里安插了人手，可谓鱼龙混杂，利益交织，任何改革都很难推进得下去。
团藏在位时，也对后勤部门没有太多的办法，只能让取根亲自管理，以震慑这些势力。
然而，三色麻雀的存在，却让白叶有了整编后勤部的绝佳借口。
每只麻雀都拥有施展飞雷神之术的能力，哪怕身在千里之外，也可以通过飞雷神之术瞬间回到根部基地。
如此一来，忍者在执行任务时，一些不方便携带的物资便可以存放在根部，在需要时直接通过飞鸟远程传送。同时，忍者在任务中获得的重要情报，也可以实时传送回根部基地。
在这种状况下，根部基地的改革就变得势在必行。任何人想要反对，都等于逆势而动，将受千夫所指。白叶以此为由，在后勤部内专设一局，负责调运物资以及收集情报，隔三差五便对后勤部的仓库进行调查，数额稍有不对，便以渎职论罪。
这一番动作下来，后勤部的那帮家伙整天提心吊胆，权力也被大大分散，再不能像以前那样把控物资采购与分配的大权了。
在收拾后勤部的同时，白叶还对根部的情报部门和研究院也进行了调整。
在白叶看来，情报部门和研究院是根部最优秀的两个部门。研究院的种种研究成果完全不亚于大蛇丸，而情报部门则在各国内部都埋有棋子，每天都有源源不断的绝密信息传递到根部基地。
不过，为了充分发挥飞雷神的优势，白叶对这两个部门进行了微调。
他扩充了情报部门内的分析局，并选了一个空旷的巨型会议室作为分析局的办公室，亲自在里面布置了一座庞大的法阵。
这个法阵运用了超兽伪画的原理，能直接把麻雀的视角投影到卷轴之上，再由情报分析部门进行记录，以评定忍者在任务中的表现。
不仅如此，白叶还直接从研究院和其他文职部门里抽调人手，填充到情报分析局内，负责维护阵法的运转。并在研究院中专门设立了一个课题组，负责优化并改进图象评判标准。
为了激励根部底层的战斗忍者，白叶还特地制定了评分制度。由情报分析部进行打分，任何忍者累计评分达到一千，白叶便会激活其麻雀体内的空间坐标，使其能直接向白叶本人呼救。
一旦遭遇致命危险，白叶便可用飞雷神赶赴战场。如果他实在抽不开身，也可以通灵出龙地洞的蛇族赶往解救。
在白叶这番改编下，根部形态变得和以前完全不一样，形成了以超兽麻雀为联系枢纽，和部门深度交融的一个整体。
而白叶自己，就是这个整体名副其实的核心。与团藏不同，白叶作为根部的核心，是从物理层面而言的，没有了白叶，根部的这套体系直接就得瘫痪。
经历如此天翻地覆的变化，现在哪怕是团藏复生，只怕也认不出根部的模样了。
一个星期的训练下来。根部各个部门的效率都得到了极大的提升。单纯从任务收入上看，根部在整编完成后第一个月的收入，竟已超过以往一年的进账。
在整个木叶都沉浸在重建恢复的气氛当中时，白叶却带领着根部开始跨越式的发展。
起初，在白叶提出进行改革时，根部大多数成员都秉持着怀疑态度，就连取根也没有对他抱以太大的希望。
毕竟，团藏作为根部的建立者，又掌控了根部数十年之久，整个根部都深深打上了团藏的烙印，没有人会认为白叶能超过团藏。
然而这一个星期下来，取根不得不承认，白叶在根部的地位已经彻底稳固了。
这种稳固是全方位的，任何人都无法更改。
一周之后，白叶两次下达了召集令，所有根部成员聚集在根部，展开了一场声势浩大的演习。
无数飞鸟穿梭在众多忍者之间，忍术与刀气纵横交错，相互攻伐，与忍者相互配合，时而单打独斗，时而结阵迎敌。
白叶和取根、佐井、苍井三人站在极远的高台之上，依然能感受到演习场中的阵阵杀气。
取根看着下方的壮观景象，叹息一声，向白叶行礼说道：“白叶大人，我认输了……现在的您，是无可撼动的根部之主！”
白叶嘿嘿一笑，拉起取根道：“愿赌服输，取根，以后你可就是我的秘书了！”
一旁的苍井呵呵一笑，说道：“白叶，你这番手段，可是令老夫刮目相看呢！以前只以为你是个有些修炼天赋的忍者，看来是我小瞧了你……”
白叶摇头说道：“晚辈能做到这一点，还得多谢团藏大人作的铺垫！”
白叶所说并非谦虚，他能在这么短的时间内让根部脱胎换骨，很大程度上也是团藏的功劳。
首先是根部培养的上百名精干文职人员。这些人日常处理着繁琐的表格和分析工作，本身就负责评定忍者的表现，转移到情报分析局，自然也能很快胜任。
其次是根部研究院。研究院很早就有专门的课题组研究飞雷神的空间坐标，牵头负责人正是苍井。
早在白叶还没有进入根部的时候，苍井的研究就已经取得了很大的成果。这给白叶使用飞雷神传递信息和物资提供了理论依据。
正是有这两样基础，白叶才能这么顺利地完成整编工作。
苍井深知这一点，看着下方的一众忍者，微微点了点头……
当白叶再次走出根部时，木叶的重建工作才刚刚开始。
看着外面热火朝天的工地，白叶心中感慨：如今的根部，不知会给忍界带来怎么的冲击呢？