大约在大天使号抵达这个小岛半个小时前，一个留着背头穿着教会长袍的神秘男子，来到了圣盾与强袭的决斗地点。并且带走了已经昏迷在地的基拉。
所以，大天使号的人马前来搜寻的时候，肯定也找不到对方的踪迹。
这个神秘人叫做摩卢.基沃，是一个无论在地球还是P.L.A.N.T都颇有声望的宗教界人士。他之前在自己的孤儿院当中就观察到了圣盾与强袭的战斗，而且两人画风突变的战斗方式，让他觉得二人很可能就是他期盼用有SEED的人。
所谓SEED，也就是这篇动漫的主题。“SuperiorEvolutionElementDestined-factor”的缩写，S-Superior—高度，E-Evolutionary—进化，E-Element—要素，D-Destined-factor—遗传因子，直译是“决定种族进化要素的因素”。在那个时代是否存在仍然未能证明它的存在，因此还是假说上的存在。但是拥有SEED的人，意味着拥有“让人类进化至上一阶段”的可能性。而是否持有SEED，是与身为自然人还是调整者无关。
换句话说，自然人也同样用有爆种的能力。不过，得看时机。
他将最后关头紧急脱离的基拉救了起来，并且利用自己的私人关系带到了P.L.A.N.T。刚好安排在热爱和平的克莱因派首脑，西格尔.克莱因的家中，接受治疗。
另一边，大天使号搜寻了整个小岛也没能发现基拉的踪迹。不得已，在巴吉露露的建议下，所有人再次回到了大天使号上。
“没有发现基拉的踪迹。。。也没有发现圣盾机师的尸体。。。恐怕对方是用圣盾钳制住了强袭，然后才发动的自爆！”穆根据现场的情况进行了一下还原，基本上八九不离十。
“基拉就这么。。。”玛琉似乎无法忍受心中的悲戚，泪水已经涌现在了眼中。而基拉的一众好友们都陷入了悲凉之中。基拉一路上保护他们到这里，眼看着就要抵达了目的地，却先他们一步走了。
“我不相信基拉会死。。。”米丽雅莉亚扑到了多尔的怀中，痛苦着。而同样参与了搜寻的多尔只能抱住女友安慰她。虽然自己的内心也同样不好受。
芙蕾也不相信基拉会就这么轻易的走了，卡兹则是陷入了一种迷茫的状态。只有赛依表情十分的平静。
“我不相信基拉会这么容易死，没有发现尸体，那就充满着可能性！！”赛依扶了一下自己的眼镜。“充其量给基拉定义一个MIA，也不可以判定他死亡。我绝对不承认他就这么走了！！”
赛依整个人仿佛在一种极为冷静的情绪下述说着疯狂的事情，芙蕾连忙过来用手臂抱住了他。
但，谁也没有察觉到，他眼中闪烁那微妙的光芒。
“MIA，missinginaction，战斗中失踪吗。。。”穆若有所思的看着赛依，他多少觉得这个理由也算可以。详细的与玛琉及巴吉露露讨论了一下，觉得最终还是在基拉的个人档案里面加上了MIA。
残破的强袭高达，以及两半的迅雷高达全部都回收了，圣盾高达可能是因为之前欧利文自爆过，所以扎夫特在自爆系统上更加严谨了，以至于根本无法回收，也是一个遗憾。否则，基本上联邦秘密出产的几台高达，除了伊扎克的决斗高达，基本都已经回收完成了。
在做了战后的总结之后，穆等人也认定了扎夫特短时间之内也没有能力再来追击了，随即开始驱动大天使号前往阿拉斯加的大西洋联邦军方总部。
而脱离了圣盾高达的阿斯兰，还是同样被卡嘉莉给救了，不过两人之前并没有产生什么交集，只不过是处于一个中立国家的措施。营救了扎夫特的一名红衣驾驶员而已，在阿斯兰伤好了之后，给他送回了卡奔塔利亚基地。.
在这期间，也发生了很多的事情。
5月1日，摩卢.基沃向P.L.A.N.T评议会提出《奥尔巴尼亚让步提案》，却遭到了主战派萨拉议长的驳回。并且给予否决，整个P.L.A.N.T已经打算与地球联合展开大战。
5月2日，航行了很久的大天使号，终于抵达了阿拉斯加基地的Josh-a。也可以说彻底的完成了初次航行的任务。所有人都官升一级。包括刚刚临时入伍的基拉同学等人。
而同一天，阿斯兰也从克鲁泽队当中彻底的改隶，凭借击败强袭高达的军功，称为了新建小队的队长。也是议长的直属卫队，萨拉小队。并且被授予星云徽章，而接受授勋就要返回P.L.A.N.T。
在大天使号抵达阿拉斯加的同时，欧利文就已经接到了消息。但是他也不知道红蓝异端的存在。毕竟，大天使号上的众人自我保护意识还很好，尤其是经历了阿尔忒弥斯事件之后。包括红蓝异端，暴风迅雷等高达，以及拉提斯、迪亚卡、尼高尔等人的新人类身份，全部隐藏了下来。
由于大天使号本身是从战乱之中临时组件的成员班底，所以一些原先有隶属队伍的，例如穆、巴吉露露等人则是需要根据部队需求，转属任职。
“看来，联邦还是会启动所谓的独眼巨人系统，来完成战略的部署。。。”从内部得到的联邦人员调动，欧利文就分析出了对方的计划。“穆尔塔。。。果然还是缺少远见。。。如果不是时间太紧迫了。。。”欧利文也有自身的局限性，虽然安布雷拉从医药行业起家，但是真的面对一个世界簇拥底蕴的蓝波斯菊，还是有些新嫩。
除非他愿意打一场生化战争，否则就只能看着剧情按照既定的方向前进。毕竟谁都不是傻子，能够利用几千士兵和装备，来吸引绝大多数的P.L.A.N.T的人，肯定是划算的。
“恐怕。。。扎夫特也没想到，他们之中会出现一个知晓作战计划的高级叛徒吧。。。”欧利文手中的一份资料，是来自扎夫特内部的资料。所谓“OperationSpitbreak”计划，就是直接空降到某个基地设施的上空，实施火力覆盖等毁灭性打击。原定的计划是巴拿马基地，因为那里拥有人类升空的质量加速器。
一旦破坏，对联合军的影响十分巨大。从而坐拥天上资源的P.L.A.N.T就变成了进可攻，退可守的状态。所以帕特里克.萨拉的提案才会被所有议员，包括中立议员的同意。
但是，实际上帕特里克.萨拉比他们想的要阴狠的多，他想一战定胜负。甚至都将从得到GAT-X系列机体之后开发的核能机都已经投入了生产，就在即将完成的时候，毅然决然的开始实施计划。
不过与原先的提案有所冲突，真正的攻击目标并不是巴拿马，而是地球联合大西洋联邦基地，阿拉斯加Josh-a。而欧利文手中的这份计划，正是帕特里克.萨拉真正的目的地点。